A região do litoral paranaense é mundialmente conhecida pela sua elevada biodiversidade, e isso é facilmente comprovado no decorrer das atividades. As aves costeiras são as mais facilmente observadas, porém, com a orientação dos monitores, os participantes descobrem espécies que normalmente passam despercebidas aos olhares desatentos.

Na região já foram identificadas mais de 300 espécies de aves continentais, marinhas e migratórias. Durante todas as atividades a observação casual de espécies como atobás, gaivotas, fragatas, biguás, papagaios-de-cara-roxa, trinta-réis e biguás é frequente. No período de inverno é comum a presença do Pinguim-de-Magalhães nas praias paranaenses, vindos do sul da América do Sul, entre o Uruguai e a Patagônia. Recentemente, pesquisadores do Laboratório de Ornitologia Costeira vem acompanhando o retorno do guará ao litoral paranaense.

Os golfinhos são mamíferos aquáticos encontrados em todas as regiões do planeta. No Litoral do Paraná ocorrem 6 espécies, sendo que uma delas habita as baías e desembocaduras dos rios, recebendo o nome popular de Boto-Cinza (Sotalia guianensis). É uma espécie que ocorre em todo o litoral brasileiro, e na baía de Paranaguá podem ser avistados formando desde grupos pequenos até bandos com muitos indivíduos.

O Boto-Cinza e o Papagaio-de-Cara-Roxa são considerados espécies-bandeira da região, e podem ser observados em roteiros específicos.

Na desembocadura do Rio das Peças, na Ilha de mesmo nome, onde pode ser facilmente observados bandos do Boto-Cinza. Essa espécie é encontrada por todo o estuário da baía de Paranaguá, e o local é considerado como área de residência.

O Papagaio-de-Cara-Roxa é uma espécie endêmica da região e está ameaçado de extinção pela sua reduzida população, que gira em torno de cinco mil indivíduos. Normalmente, reúnem-se em ilhas dormitório, como a Ilha do Pinheiro no Parque Nacional do Superagui. No final da tarde e no início da manhã, promovem uma revoada incrível e barulhenta.