O Museu Marinho está situado na sede do Projeto Litoral Nota Cem, e faz parte da estratégia de ação com os estudantes que participam das atividades em Pontal do Sul.
Enquanto as meninas estão explorando o manguezal, os meninos recebem uma aula sobre a biodiversidade marinha no museu. Depois inverte, quem estava no mangue vai se lavar para ir ao museu, e quem estava no museu, vai para o mangue.
Durante a temporada de verão permanece aberto para a visitação pública.
A coleção está organizada em animais invertebrados e vertebrados, separados pelos grande grupos taxonômicos.
